A sede da pessoa jurídica é o lugar escolhido pelos seus controladores no qual pode ser demandada para o cumprimento de suas obrigações.

Domicílio da pessoa jurídica de direito privado é o lugar onde funcionarem as respectivas diretorias e administrações, ou onde elegerem domicílio especial no seu estatuto ou atos constitutivos.

Tendo a pessoa jurídica diversos estabelecimentos em lugares diferentes, cada um deles será considerado domicílio para os atos nele praticados.

A pessoa jurídica de direito privado pode ter vários domicílios, mas uma só sede.

Estabelecimento matriz é aquele no qual se exercem a direção e a administração da pessoa jurídica.

Ainda que, em regra, um único estabelecimento sirva como lugar para a sede social, para matriz e para domicílio tributário, inexiste identidade legal plena entre eles, de tal sorte que é possível que a sede social seja lugar distinto da matriz.

O domicílio tributário é de eleição do contribuinte dentre os possíveis domicílios definidos pela legislação civil, ressalvada a recusa fiscal quando a escolha impossibilite ou dificulte a arrecadação ou a fiscalização do tributo, bem como o princípio da autonomia do estabelecimento que faz de cada filial uma unidade independente, quando se trata de fatos geradores individualizados.

Optar por estabelecer a matriz (centro de direção e administração) em determinado lugar, implica eleger ali, em princípio, seu domicílio tributário.

Base: Solução de Consulta Cosit 27/2013

http://guiatributario.net/2013/11/22/sede-domicilio-estabelecimento-matriz-conceitos-para-fins-tributarios/