Com o SPED e a obrigação de emissão da Nota Fiscal Eletrônica – NF-e (Mercadorias/Sefaz/federal), e em muitos casos, também da Nota Fiscal de Serviço Eletrônica – NFS-e (serviços/municipal), as empresas ainda têm dúvidas de como proceder, principalmente as que vendem produtos e prestam serviços ao mesmo tempo. Muitos têm utilizado apenas as notas conjugadas. O diretor geral da Conceito W Sistemas, líder nacional em gestão e integração de NFS-e, Alan Koerbel, explica a relação entre a nota conjugada e a NFS-e.
 
Atualmente cerca de 360 municípios adotaram a obrigação da NFS-e. Menos de 1% destas prefeituras possuem o convênio com a SEFAZ, permitindo a emissão da nota conjugada em substituição a NFS-e. Desta forma, em todos municípios com NFS-e que não possuem o convênio (99%) a nota conjugada pode ser utilizada no máximo como RPS (Recibo Provisório de Serviços) e depois deve ser devidamente convertida no portal da prefeitura em uma NFS-e. Esta conversão pode ser manual (digitação) ou via integração de arquivos (conforme tecnologia de cada prefeitura).
 
Muitas empresas, principalmente de grande porte utilizam a nota conjugada com a esperança de que haja uma padronização da NFS-e, e de que a nota conjugada possa ser utilizada em qualquer município. Não há uma tendência para que isto ocorra, e o último evento da ABRASF lançando a NFS-e 2.0 confirmou este cenário.  
 
Para as prefeituras não há vantagens em realizar o convênio para nota conjugada, e dois motivos principais justificam:
Perda do controle sobre a arrecadação, pois dependerá do governo do estado para ter o controle das notas fiscais.
Só atenderia prestadores que também são contribuintes de ICMS, ou seja, todas as empresas que apenas prestam serviço não estão habilitadas a emitir a nota conjugada.
 
A documentação dos portais normalmente deixa claro que a nota conjugada pode ser utilizada como RPS, mas que posteriormente o prestador precisa gerar a NFS-e.
 
Para esclarecer algumas diferenças entre as prefeituras e a validade, ou não, da nota conjugada, o Diretor Geral da Conceito W selecionou respostas oficiais de algumas prefeituras:
 
Prefeitura de Belo Horizonte:
No âmbito da Prefeitura de Belo Horizonte não há previsão para autorização, em conjunto com o estado de Minas Gerais, para utilização da chamada nota fiscal conjunta, que é o documento fiscal destinado a acobertar a ocorrência simultânea de operações de circulação de mercadorias e de prestação de serviços.
 
Prefeitura de São Paulo:
O prestador de serviços poderá utilizar outra NF-e (estadual/nacional/de outra prefeitura) como RPS e, posteriormente e dentro dos prazos legais, convertê-lo em NF-e DESTA PREFEITURA, tomando o cuidado de numerar/serializar o RPS identicamente à NF-e estadual/nacional/etc, nos termos das instruções do item 5.4.5 do manual: “Manual Pessoa Jurídica” http://ww2.prefeitura.sp.gov.br/nfe/files/Manual-NFe-PJ-v4-4.pdf
 
Governo do Estado de São Paulo:
Para a adesão à NF-e conjugada, basta um Decreto Municipal. Pretendemos publicar no nosso site a relação dos municípios que aderiram à NF-e. O município de SP com certeza não aderiu à NF-e conjugada. Sabemos que empresas do município de SP emitem a conjugada, mas algumas emitem também a NFS-e do município de SP. 
 
Prefeitura do Rio de Janeiro (Nota Carioca):
Único documento fiscal existente no Município do Rio de Janeiro é a Nota Carioca. A nota conjugada pode servir como RPS e deve ser convertida no prazo regulamentar. Consulte Resolução SMF nº 2617, na redação atual. Os eventuais esclarecimentos prestados sobre a aplicação da Legislação Tributária possuem caráter meramente orientativo. Pareceres oficiais devem ser obtidos por meio de processos de consulta, conforme estabelece o artigo 126 do Decreto n° 14.602/1996.”Autor: Alan Koerbel, diretor geral da Conceito W Sistemas,