Devido ao número de indeferimentos aos registros do Empreeendedor Individual pelas Juntas Comerciais, a Fenacon em conjunto com o Departamento Nacional de Registro do Comércio - DNRC alertar os empresários contábeis para as principais causas.

• Objeto descrito incorretamente (especialmente: não observância da indicação do gênero e espécie da atividade);

• Falta de assinaturas;

• Assinatura da firma divergente do nome empresarial;

• Erros na formação do nome empresarial (adição ao nome civil de termos que não são apelidos ou atividades, tais como: nome de fantasia do empreendimento, siglas, ME, etc.);
 
Segundo o coordenador-geral dos Serviços de Registro Mercantil, Rômulo Guimarães Rocha, medidas para minimizar ou zerar essas questões já foram encaminhadas: tabela de ocupações exaustiva e inclusão do objeto e CNAE a partir da seleção da ocupação, inclusões de orientações nos pontos onde ocorrem os problemas, colocar como prioridade a formação do nome com base no nome civil. Outro destaque é a emissão de boletos, via correspondência, por instituições cobrando taxas dos empreendedores individuais. A Fenacon alerta que essas cobranças são indevidas e que o registro no Programa de Formalização do empreendedor individual é totalmente gratuito, cabendo apenas o recolhimento dos tributos previstos na LC n° 128/08, por meio de carnês ou guias emitidos pelo próprio programa gerador da Receita Federal.